如果附睾不幸感染了致病微生物，发生炎症，令管腔充血水肿，其养育精子的能力自然降低，甚至处于怠工状态。附睾分泌的各种营养精子的物质均会明显减少，使精子应在附睾获得的各种能力明显减弱，终于导致排出精液中不能活动的精子或死精子比率明显增高。即使是能活动的精子，其活动能力也很弱，从而引发弱精子症或死精子症。
那么附睾炎杀灭精子的过程是怎样的呢?
第一步，降低精子的活动能力
附睾被病原体感染后，有的病原体(如大肠杆菌)可直接对附睾管中的精子造成损害，抑制精子的活动度或使精子发生凝集，以降低其活动能力;有的病原体(如支原体、衣原体)吸附在精子表面，使其活动力降低甚至丧失。病原体产生的毒素也会毒杀生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。
第二步，堵截精子的行走通道
附睾炎如果是由淋球菌、结核杆菌、支原体、衣原体等病原体感染引起的，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致附睾尾部与输精管连接处不完全性或完全性梗阻，从而造成梗阻性少精症或无精子症。
第三步，困住精子
附睾炎还是导致男子体内形成抗精子抗体的重要原因。抗精子抗体形成后，混在精液中，紧追精子不放，或将精子团团围住，或干脆牢牢吸附在精子表面，使精子无处躲藏。精子的活动能力显着下降，或数个、数十个地凝集成团，影响精子的前向运动。
